Last updated on 2022-08-15 08:50:18 CEST.
| Package | ERROR | NOTE | OK |
|---|---|---|---|
| bnpsd | 13 | ||
| genio | 13 | ||
| popkin | 2 | 7 | 4 |
| simfam | 13 | ||
| simtrait | 13 |
Current CRAN status: OK: 13
Current CRAN status: OK: 13
Current CRAN status: ERROR: 2, NOTE: 7, OK: 4
Version: 1.3.17
Check: package dependencies
Result: NOTE
Package suggested but not available for checking: 'lfa'
Flavors: r-devel-linux-x86_64-debian-clang, r-devel-linux-x86_64-debian-gcc, r-devel-linux-x86_64-fedora-clang, r-devel-linux-x86_64-fedora-gcc, r-release-macos-arm64, r-release-macos-x86_64, r-oldrel-macos-x86_64
Version: 1.3.17
Check: tests
Result: ERROR
Running 'testthat.R' [11s]
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(popkin)
>
> test_check('popkin')
OS - Alias wurde nicht gefunden.
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[ FAIL 14 | WARN 26 | SKIP 0 | PASS 539 ]
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure (test_popkin.R:250:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:255:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X + 0)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:260:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(2L - X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:265:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(2 - X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:271:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X, m_chunk_max = 1)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:413:5): function returns precomputed values: popkin ──
`obj <- popkin(X, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:417:5): function returns precomputed values: popkin ──
`obj <- popkin(X, subpops, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:956:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`coancestry2 <- popkin_af(P)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:961:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj <- popkin_af(P, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:968:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`coancestry2 <- popkin_af(P_miss)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:973:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj <- popkin_af(P_miss, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:980:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj2 <- popkin_af(t(P_miss), want_M = TRUE, loci_on_cols = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin_BEDMatrix.R:17:9): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin_fn.R:34:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(Xf, n = n)` produced warnings.
[ FAIL 14 | WARN 26 | SKIP 0 | PASS 539 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-devel-windows-x86_64
Version: 1.3.17
Check: tests
Result: ERROR
Running 'testthat.R' [10s]
Running the tests in 'tests/testthat.R' failed.
Complete output:
> library(testthat)
> library(popkin)
>
> test_check('popkin')
OS - Alias wurde nicht gefunden.
OS - Alias wurde nicht gefunden.
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[ FAIL 14 | WARN 26 | SKIP 0 | PASS 539 ]
══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════
── Failure (test_popkin.R:250:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:255:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X + 0)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:260:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(2L - X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:265:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(2 - X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:271:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X, m_chunk_max = 1)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:413:5): function returns precomputed values: popkin ──
`obj <- popkin(X, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:417:5): function returns precomputed values: popkin ──
`obj <- popkin(X, subpops, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:956:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`coancestry2 <- popkin_af(P)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:961:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj <- popkin_af(P, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:968:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`coancestry2 <- popkin_af(P_miss)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:973:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj <- popkin_af(P_miss, want_M = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin.R:980:5): popkin_af works ──────────────────────────────
`obj2 <- popkin_af(t(P_miss), want_M = TRUE, loci_on_cols = TRUE)` produced warnings.
── Failure (test_popkin_BEDMatrix.R:17:9): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(X)` produced warnings.
── Failure (test_popkin_fn.R:34:5): function returns precomputed values: popkin_A ──
`obj <- popkin_A(Xf, n = n)` produced warnings.
[ FAIL 14 | WARN 26 | SKIP 0 | PASS 539 ]
Error: Test failures
Execution halted
Flavor: r-release-windows-x86_64
Current CRAN status: OK: 13
Current CRAN status: OK: 13